Согласно Уставу Ассоциации выпускников УПИ, УрГУ и УрФУ,  руководящими и исполнительными органами являются: Конференция, Правление, Президиум Правления, Сопредседатели, Дирекция.

Конференция - высший орган управления Ассоциации, которая проводится не реже одного раза в 2 года. Время, место проведения, повестка, норма представительства делегатов Конференции определяются Правлением Ассоциации. На обсуждение Конференции может быть вынесен любой вопрос, относящийся к деятельности Ассоциации. Делегаты конференции избираются членами Ассоциации выпускников от институтов, входящих в состав университета, представительств Ассоциации в соответствии с квотой, установленной Правлением Ассоциации. При выборе делегатов допускается очная и заочная форма голосования. Конференция Ассоциации правомочна, если на конференции присутствует более половины  избранных делегатов (кворум). Допускается дистанционная форма участия в конференции.

К исключительной компетенции Конференции относится решение следующих вопросов: изменение Устава Ассоциации, определение приоритетных направлений деятельности Ассоциации, принципов формирования и использования ее имущества, избрание  руководящих органов Ассоциации и досрочное прекращение их полномочий, реорганизация и ликвидация Ассоциации. Решения по вопросам, отнесенным к исключительной компетенции Конференции членов, принимается квалифицированным большинством голосов – не менее 2/3 участников Конференции, при наличии кворума.

К компетенции Конференции относится решение следующих вопросов: утверждение годового отчета, участие в других организациях, установление размера вступительного и ежегодного членских взносов, принятие в почетные члены Ассоциации.

Решения по вопросам, не отнесенным к исключительной компетенции Конференции, принимаются большинством голосов от числа участников Конференции, при наличии кворума. В случае равенства голосов при голосовании Сопредседатели Правления имеют право решающего голоса. Форма голосования определяется решением Конференции. Выбор Сопредседателей осуществляется по принципу: один – от выпускников УрГУ и один – от выпускников УПИ или УГТУ-УПИ. О месте и времени проведения, а также повестке дня Конференции члены Ассоциации должны быть уведомлены не позднее, чем за 30 дней до назначенного срока проведения Конференции способом, указанным выпускником в заявлении. На Конференции ведется протокол, который подписывается председателем и секретарем собрания.

Внеочередная Конференция может быть созвана по решению Правления Ассоциации. В случае принятия решения о проведении внеочередной Конференции членов Ассоциации, такое собрание должно быть проведено не позднее двух месяцев со дня решения о его проведении. 

В период между Конференциями действует руководящий орган – Правление.

Правление Ассоциации - постоянно действующий руководящий орган Ассоциации. Правление избирается путем прямого делегирования членов Ассоциации от институтов утверждается Конференцией сроком на 2 года. Лица, избранные в состав Правления, могут переизбираться. В состав Правления избираются по одному выпускнику – члену Ассоциации от каждого выпускающего департамента института или от факультета, существовавшего до объединения двух университетов. По должности входят председатели представительств Ассоциации, два сопредседателя и исполнительный директор Ассоциации. (изм. в соответствии с решение отчетно-выборного собрания от 22.01.2018). Каждый сопредседатель может по своей инициативе предложить выпускников УПИ, УрГУ или УрФУ в состав правления Ассоциации, но не более 5 человек от сопредседателя. Правление вправе решать все вопросы, не входящие в компетенцию Конференции. К компетенции Правления относится решение следующих вопросов:

• создание представительств Ассоциации;
• принятие решений об участии Ассоциации в других организациях в соответствии с действующим законодательством;
• организация исполнения решений Конференции Ассоциации;
• подготовка и представление Конференции отчета о своей работе, информирование представительств Ассоциации, выпускников о своей деятельности;
• представление интересов Ассоциации перед органами государственной власти и органами местного управления;
• назначение Исполнительного директора Ассоциации по представлению Сопредседателей Правления;

Правление Ассоциации правомочно, если на заседании присутствует более половины его членов. Допускается дистанционное участие в заседании Правления посредством интернет-связи. Решения принимаются большинством голосов от числа членов Правления, присутствующих на заседании, при наличии кворума с учетом дистанционного участия очно не присутствующих членов Правления. равление проводит заседания не реже 1 раза в три месяца.

Президиум Правления. В период между заседаниями Правления выборным коллегиальным исполнительным органом Ассоциации является Президиум Правления. Президиум Правления избирается Правлением Ассоциации из числа членов Правления сроком на 2 года. Заседание Президиума Правления Ассоциации правомочно, если на заседании присутствует более половины его членов. Решение принимается простым большинством голосов при наличии кворума. Заседание Президиума Правления ведет один из сопредседателей Ассоциации. Решение Президиума Правления принимается в форме постановления. Заседание протоколируется.

К компетенции Президиума Правления относится решение следующих вопросов:

• прием и исключение из членов Ассоциации;
• утверждение внутренних документов Ассоциации, определяющих порядок деятельности органов управления Ассоциации, органов управления представительств;
• созыв заседания Правления, подготовка повестки и места проведения;
• координация и контроль за деятельностью представительств Ассоциации, организация выполнения решений Правления Ассоциации;
• проведение информационно-пропагандистской работы по освещению деятельности Ассоциации;
• утверждение перспективных и текущих планов работы, регламента дистанционного участия выпускников в работе Правления, Президиума Правления, Конференции Ассоциации;
• утверждение сметы доходов и расходов Ассоциации выпускников на очередной финансовый год;
• осуществление других полномочий, делегированных Правлением Ассоциации.

Сопредседатели Правления избираются на Конференции сроком на 2 года. Сопредседатели Правления по должности входят в состав Правления, Президиума Правления и возглавляют их. Сопредседатели Правления самостоятельно решают все вопросы деятельности Ассоциации, кроме вопросов, отнесенных к компетенции Конференции, Правления и Президиума Правления Ассоциации, подотчетны Конференции  Ассоциации и организуют выполнение ее решений, осуществляют текущее руководство деятельностью Ассоциации и имеют следующие права и обязанности:

• действуют от имени Ассоциации, представляют ее интересы перед государственными органами и любыми третьими лицами;
• обеспечивают выполнение решений Конференции;
• распределяют обязанности между членами Правления, ведут заседания Правления;
• разрабатывают предложения по инициативам развития Ассоциации;
• утверждают положения и регламенты о создании и работе Правления, Дирекции и других органов Ассоциации; осуществляют иные полномочия, не отнесенные к компетенции Конференции, Правления и Президиума Правления.

Дирекция Ассоциации - Исполнительный орган Ассоциации является Дирекция. Дирекция действует на основании Положения о Дирекции, утверждаемого Правлением Ассоциации. Дирекцию возглавляет исполнительный директор назначаемый Правлением по представлению сопредседателей Правления, который входит в состав Правления Ассоциации по должности, ведет следующую деятельность:

• осуществляет текущее руководство деятельностью Дирекции;
• организует выполнение решений Правления, Президиума Правления и поручений Сопредседателей Ассоциации согласно положению о Дирекции;
• распоряжается финансовыми и материальными средствами Ассоциации;
• организует привлечение для осуществления уставной деятельности Ассоциации организует учет и отчетность деятельности Ассоциации;
• организует проведение заседаний Правления, Президиума Правления и Конференции Ассоциации;
• ·назначает на должность и освобождает от должности работников Дирекции.